Etilen oksid je priznat kao plinoviti dezinficijens širokog spektra i vrlo učinkovit, još predstavlja značajnu štetu ljudskom zdravlju, pokazujući razine toksičnosti koje premašuju one od kloroforma i ugljikovog tetraklorida.
U početku, cilja na respiratorni trakt, izazivajući simptome poput mučnine, povraćanje, proljev, i bol, zajedno sa supresijom središnjeg živčanog sustava. U teškim slučajevima, može eskalirati do respiratornog distresa i plućnog edema.