Ethyleenoxide wordt erkend als een breed spectrum en zeer effectief gasvormig ontsmettingsmiddel, maar toch is het levert aanzienlijke schade op voor de menselijke gezondheid, met toxiciteitsniveaus die hoger liggen dan die van chloroform en tetrachloorkoolstof.
In eerste instantie richt het zich op de luchtwegen en veroorzaakt symptomen zoals misselijkheid, braken, diarree en pijn, samen met onderdrukking van het centrale zenuwstelsel. In ernstige gevallen kan het escaleren tot ademnood en longoedeem.