Etylenoksid er anerkjent som et bredspektret og svært effektivt gassformig desinfeksjonsmiddel, ennå det utgjør betydelig skade på menneskers helse, som viser toksisitetsnivåer som overstiger kloroform og karbontetraklorid.
I utgangspunktet, den retter seg mot luftveiene, induserer symptomer som kvalme, oppkast, diaré, og smerte, sammen med undertrykkelse av sentralnervesystemet. I alvorlige tilfeller, det kan eskalere til pustebesvær og lungeødem.